É ponto pacífico entre os estudiosos que a região do atual município de Cubatão foi ocupada, há pelo menos 7.000 anos, pelo chamado Homem do Sambaqui: eram grupos seminômades, que tinham sua vida cotidiana ligada ao mangue, donde tiravam sua subsistência, marcada por siris, conchas bivalves, berbigões e peixes, os quais aproveitavam para desenvolver sua manufatura de peças mistas – líticas e orgânicas – caracterizadas por ferramentas de pedra polida do Mesolítico, adornos e outros equipamentos (DUARTE,1968).
No século XIX, esses monumentos pré-históricos foram visitados pelo Imperador D.Pedro II, exímio naturalista, que deles se encantou; no século XX, foram alvos de estudos por parte da Universidade de São Paulo (a USP), e atraíram inclusive a atenção de Paul Rivet, o lendário Diretor do Museu do Homem de Paris, e “pai” da moderna Antropologia americana (RIVET, s/d).
Na disputa pela ocupação do espaço do litoral, há aproximadamente 1.000 anos, os índios, oriundos do Planalto Brasileiro, desceram a Serra do Mar e se estabeleceram temporariamente na Baixada, donde retiravam peixe e sal; neste estabelecimento, faziam diversas viagens entre o Planalto e o Litoral, e abriram diversos caminhos na Muralha do Atlântico que, segundo se fala, iam do litoral até a Cordilheira dos Andes. O mais conhecido desses caminhos era o Caminho do Piaçagüera de cima, que desse lugar subia a Serra pelo secular trilho dos Goianases, no Vale do Ururaí (atual Mogi) e COSTA E SILVA SOBRINHO, s/d. Descendo a Serra do Mar, os índios ocuparam a região e exterminaram (ou absorveram) o grupo do Homem do Sambaqui.
Embora haja provas abundantes da ocupação indígena, deles temos poucas informações, exceto aquelas que nos são outorgadas pelos invasores portugueses; sabemos, grosso modo, que foram testemunhas das expedições pré-coloniais e da chegada da expedição colonizadora de Martim Afonso de Sousa.
O primeiro documento oficial que cita Cubatão é a Carta de Doação de Sesmaria, passada por Martim Afonso em 10 de fevereiro de 1533, onde ele concede á Rui Pinto as terras do Porto de “Apiaçaba”, e as terras situadas “na Barra do Cubatão”, entre os rios Ururaí e Perequê (BORGES, 2002). Em 4 de março, Martim Afonso doa outra sesmaria a Francisco Pinto (irmão de Rui Pinto), sesmaria que ia do Rio Perequê ao Rio das Pedras.
Em 1556, durante o Governo Geral, foi doada a Antonio Rodrigues de Almeida uma sesmaria cujas terras partem do Rio das Pedras, até o Rio Pilões; essa sesmaria foi adquirida em 1643 pelos padres da Companhia de Jesus, sendo o embrião da Fazenda Geral dos Jesuítas, também chamada de Fazenda Geral do Cubatão. As terras jesuíticas margeavam o rio Cubatão, o que lhes dava controle sobre a navegação fluvial que ligava a escarpa da Serra do Mar e o Porto de Santos: em realidade, com o tempo, os jesuítas passaram a controlar o comércio (essencial) entre o Planalto e os corredores de exportação e importação – os jesuítas tiveram a brilhante ideia de cobrar pela passagem fluvial, além de alugar botes e canoas que faziam a passagem entre a Ilha de Goiaó e o Cubatão.
Em 1803, em decreto de 19 de janeiro, o Governador da Capitania, Antonio José de Franca e Horta, numa política de povoamento e desenvolvimento da Capitania, ordena a edificação do Povoado de Cubatão, na extinta Fazenda dos Jesuítas, entre os rios Capivari e Santana, na margem direita do rio Cubatão; se alguém mereceria o epíteto de “fundador” seria Franca e Horta: é dele a iniciativa de formar o povoado. Em Edital de 22 de agosto, ele convida famílias de Iguape para povoarem Cubatão.
Mas somente em 17 de janeiro de 1819, em pleno Período Joanino, cinco famílias da Ilha dos Açores vêem para Cubatão: são os famosos “cinco Manuéis” – Manuel Espíndola Bittencourt, Manuel do Conde, Manuel Correia, Manuel Gomes e Manuel Antônio Machado, que segundo consta, não seria “Manuel”, mas simplesmente Antonio Machado – o erro seria de transcrição do nome, e permaneceu na História de Cubatão. A riqueza de Cubatão, seu solo, foi explorada pelos portugueses na forma de seu produto mais tradicional: a banana.
Em 12 de agosto de 1833, a Regência Trina Permanente, instituída após a abdicação de D.Pedro I, sanciona a Lei n. 24, que elevava o Porto Geral de Cubatão à categoria de município, desmembrando-o de São Vicente; mas a penúria em que se encontra o Povoado, faz com que a autonomia seja tolhida pela Lei Regencial n.167, de 1o. de março de 1841, que incorpora o Povoado de Cubatão à cidade de Santos (BORGES, 2002).
A Lei de 26 de setembro de 1922 (Lei 1871), criava o Distrito de Paz de Cubatão, mas permanecia como um bairro de Santos. Com o desenvolvimento da região, é construída em 1947 a Via Anchieta, chamada de “orgulho da engenharia rodoviária nacional”, a mais moderna das rodovias brasileiras na época; com o crescimento, o fortalecimento comercial e industrial, o bairro começa a perder suas características agrícolas e começa a sonhar com o futuro. Organiza-se em 1948 um grupo de trabalho para lutar pela elevação de Cubatão à categoria de município. O grupo passou à História da cidade como “Os Emancipadores”, realizando em 17 de outubro um plebiscito, que culmina com a vitória pró-desmembramento.
Desde a emancipação, a política da cidade se complica. Diversas correntes, muitas delas de segregação dos migrantes nordestinos que vem para Cubatão, se encontram no seio da política municipal. Não raro, há embates físicos entre políticos e correligionários. Armando Cunha é sucedido pelo conceituado médico Luiz de Camargo da Fonseca e Silva em 1953, mas em 1957 volta à prefeitura. Diversos grupos políticos se formam na cidade, e as opiniões começam a se tornar motivos de discórdias e rixas. Em 1961, em meio a uma disputa recheada de intrigas, Abel Tenório de Oliveira, de origem nordestina, é eleito prefeito. É uma fase de conflitos, que culmina com a morte do vereador Aristides Lopes dos Santos, o Dinho, e a morte do próprio prefeito Abel Tenório; ambos são crimes políticos, e encobertos pelas névoas do tempo e da Revolução de 1964.
Com a morte do prefeito, assume seu vice, José Rodrigues Lopes, que termina seu mandato em 1965, sendo sucedido pelo médico Luis Camargo. Nesta fase, a do endurecimento do Regime Militar iniciado em 1964, o Governo Federal torna Cubatão "Área de Segurança Nacional" com a lei 5449, em vista de seu interesses estratégico industrial, elétrico e de fornecimento hídrico. Começa a fase dos “Interventores”.
Em 2000, é eleito o médico mineiro Clermont Silveira Castor, pelo PL, hoje PR. Popular na cidade, Castor derrota o então Prefeito Nei Serra, candidato à reeleição, mas recebe uma Prefeitura imersa em dívidas e com graves problemas administrativos, como licenças de funcionários não pagas, um Hospital deficitário, um sistema de Previdência com sérios problemas de caixa. Clermont tem um estilo popular de política, e não raro é visto andando nas ruas com seu carro particular; num crime político ainda inexplicado, ele é alvejado no início da noite de 1 de julho de 2001, quando voltava do velório de um Secretário Municipal. Esse crime deixa a cidade em polvorosa (os jornais regionais falavam em volta aos tempos da década de 1960 e relembravam as mortes de Dinho e Abel Tenório); em breve, ocorre um ruidoso rompimento entre o Prefeito e seu Vice, Alberto de Souza. Em 2004, Clermont é reeleito tendoassumiu a prefeitura em 2009.
Em 1982 foi nomeado o advogado José Osvaldo Passarelli como Interventor. Nesta fase, a industrialização começa a cobrar seu alto preço ambiental: Cubatão tem uma degeneração violenta e começa o mito do “Vale da Morte”; com o incêndio da Vila Socó, em fevereiro de 1984, a tragédia ganha contornos nacionais e mundiais, pois a explosão dos dutos da Petrobrás, sobre os quais se erguia uma favela que foi pulverizada, pôs a nu os problemas advindos de políticas energéticas não planejadas e de erros.
Uma tragédia incontável, pois nem a Prefeitura, nem o Governo Estadual e nem a Petrobrás conseguiram precisar o número de mortos; num dado momento, ocorrem situações anacrônicas: a Escola João Ramalho é usada como necrotério; o estado doa trezentos caixões; a Prefeitura usa as listas de alunos da Escola de Educação Infantil para verificar quem volta às aulas.
Na seqüência vem o desastre da Vila Parisi: encravada num polígono entre várias indústrias, nos fundos da Aciaria da COSIPA, a favela da Vila Parisi é um exemplo mundial de descaso e humilhação com o ser humano. O clamor mundial começa com as doenças intimamente ligadas à miséria, a pobreza, a falta de saneamento básico, a poluição. Ocorrem as primeiras mortes neonatais por anencefalia, casos até hoje mal explicados. A tragédia da Vila Parisi força a Prefeitura a tomar uma atitude, e Passarelli transfere a população para um bairro planejado e construído às margens da interligação Anchieta-Imigrantes, o Bolsão 8 que, em sintonia com a eleição de Tancredo Neves, é batizado Jardim Nova República.
Mas as ações de Passarelli acabam desagradando o Governador Franco Montoro (Passarelli fora nomeado por Paulo Maluf), que o exonera e nomeia, em 6 de fevereiro de 1985, outro interventor: Nei Eduardo Serra, advogado ligado à administração da COSIPA, que assume o governo em meio ao retorno a autonomia municipal, que ocorre através da Emenda Constitucional n. 25, de autoria do Deputado Gastone Righi. Em 15 de novembro, na primeira eleição para Prefeito desde 1964, é eleito o antigo Interventor José Osvaldo Passarelli. Em 1990, na corrente da nova Constituição de 1988, é aprovada a Lei Orgânica do Município, elaborada pela Câmara Municipal, em vista das particularidades da cidade.
Desde 1985, a Prefeitura e o Governo do estado vem trabalhando num projeto de preservação ambiental, juntamente com a ONU. Cubatão se torna, na década de 1990, “exemplo mundial de recuperação ambiental”, com a volta de um símbolo de sua fauna, o guará-vermelho. Em 1993, o Ministério Público ordena o fechamento da Fábrica da Rhodia (do grupo francês Rhone-Poulauc), em vista dos “lixões” tóxicos escavados em Cubatão, São Vicente e Itanhaém como vice o ex-vereador Raimundo Valter Pinheiro.
Em 2008, é eleita a professora Márcia Rosa de Mendonça Silva (PT), tendo como vice o ex-vereador Arlindo Fagundes Filho (PSB). Vereadora nas duas últimas legislaturas, Márcia Rosa foi eleita com mais de 40 mil votos, a melhor votação da história de Cubatão, e .